Родился 13января 1964 года в г. Щучье Курганской области. В 1986 году окончил Курганский сельскохозяйственный институт, в 2004 году - Уральскую  академию государственной службы. В 2005 году в Институте экономики Уральского отделения Российской академии наук защитил диссертацию кандидата экономических наук.

В 2002 году Сергей Николаевич назначен внешним управляющим ФГУП «Курганприбор». В результате реализации антикризисной программы удалось сохранить мобилизационные мощности на заводе, значительно увеличить номенклатуру выпускаемой продукции.
Муратов С.Н. является председателем Совета директоров АО «НПО «Курганприбор». На заводе реализуется многолетняя программа технического перевооружения, за последние пять лет освоено 12 новых изделий, в том числе различные сборочные узлы для многих авиационных и противотанковых ракетных систем. АО «НПО «Курганприбор» является соисполнителем государственного оборонного заказа многих изделий и ежегодно трех-четырех государственных контрактов.

Сергей Николаевич активно занимается благотворительной деятельностью, оказывая финансовую поддержку населению Курганской области в спорте, культуре и социальной защите: ежегодно перечисляются средства Курганской федерации по борьбе самбо, НОУ «Православная школа во имя Александра Невского», на телевизионную передачу «Благая весть», на приобретение призов для победителей различных спортивных соревнований Курганской области, на материальную помощь ветеранам Великой Отечественной войны и труда, пенсионерам предприятия. За счет средств предприятия содержится команда по пляжному футболу, которая является лучшей по Уральскому Федеральному округу.   
 
Сергей Николаевич является председателем Курганского регионального отделения Российского Союза промышленников и предпринимателей, Президентом федерации самбо и дзюдо по Курганской области, членом Военно-промышленной комиссии при Правительстве Российской Федерации по развитию государственно-частного партнерства, председателем общественного движения Курганской области в защиту Армии, флота и оборонно-промышленного комплекса, членом штаба Курганского регионального отделения Общероссийского Народного фронта.
Муратов С.Н. награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» I, II степени, медалью В.В. Бахирева, поощрен Благодарственным письмом Президента Российской Федерации, почетной грамотой Губернатора Курганской области с вручением наградного знака «За заслуги», знаком отличия Губернатора Курганской области «За благое дело».